7. Dokumentasjon¶
Universitetspedagogisk kompetanse¶
Jeg tok Felles innføringsdel for Universitetspedagogisk Basiskompetanse i 2019
Kursbevis: Fil:
Kursbevis_universitetspedagogisk_basiskompetanse.pdf
Utviklingsnotat: Fil:
Utviklingsnotat_Fellesdelen_2019.pdf
moduler tatt i tillegg til Fellesdelen:
Forskningsveiledning (2014)
Utviklingsarbeid: Fil:
Utviklingsarbeid_Forskningsveiledning_2014.pdf
Forelesning og undervisning - det dramaturgiske aspekt (2015)
Pedagogisk mappe (2020)
Jeg tok Felles innføringsdel i 2014 som 20% 1. amanuensis II
Utviklingsarbeid: Fil:
Utviklingsarbeid_Fellesdelen_2014.pdf
En klar utvikling over tid¶
Emneansvar
BIOS1100 (2017-)
Kurstittel: Innføring i beregningsmodeller for biovitenskap
Emnesidene: https://www.uio.no/studier/emner/matnat/ibv/BIOS1100/
2017
Fil:
Sluttrapport BIOS1100 Høsten 2017.pdf
2018
Fil:
Sluttrapport BIOS1100 Høsten 2018.pdf
2019
Fil:
Sluttrapport BIOS1100 Høsten 2019.pdf
2020
Fil:
Sluttrapport BIOS1100 Høsten 2020.pdf
Pensumbok “Introduction to Analysis and Modeling in Biology with Python”, siste versjon (august 2020)
Jeg har skrevet noen blogposter om BIOS1100: http://lexnederbragt.com/bios1100
INF-BIO5121/9121 (2012-2016)
Kurstittel: High Throughput Sequencing technologies and bioinformatics analysis
Emnesidene: https://www.uio.no/studier/emner/matnat/ifi/INF-BIO5120/index-eng.html
Semestersidene for høsten 2016: http://inf-biox121.readthedocs.org/en/2016
Annen universitetsundervisning
MBV-INF4410/9410 Bioinformatics for Molecular Biology 2013-2016
Forelesning “The bioinformatics of sequencing and assembling genomes”
Forelesning “What does it mean to do bioinformatics?”
BIO9905MERG1 - Bioinformatics for Metagenomic Analyses and Environmental Sequencing (2011)
Forelesning “Next Generation Sequencing techniques and data relevant for metagenomics analyses”
Forelesning “Assembly of metagenomes”
BIO2120 Evolusjonsbiologi 2006-2007
Forelesning “Evolution and Development”
Forelesning “Evolution of Genes and Genomes”
Oppgaver for gruppearbeid
Workshops
Next-Gen Sequence Analysis Workshop ‘week 3’ (intermediate and advanced skills) (invitert), Michigan State University 2015
University of California Davis Assembly Masterclass (invitert) 2013
Norwegian Sequencing Centre course: High Through-put Sequencing: technology basics, applications and bioinformatic analysis 2011
Jeg gjennomførte en Workshop om Genome Assembly
De novo genome assembly (invitert), Univ. of Gothenburg, 2011
Erasmus ICP course Marine Cell Biology (Observatoire Oceanologique, Banyuls-sur-mer, France) 2000
Forelesning “Fundamental aspects of development”
Forelesning “Cell cycle changes during development”
Software Carpentry, Data Carpentry, The Carpentries, Carpentry@UiO
fra og med 2018 ble disse sammen til The Carpentries
jeg er en sertifisert instruktør og instruktør trener
Fil:
SoftwareCarpentry_Instructor_Certificate.pdf
Fil:
DataCarpentry_Instructor_Certificate.pdf
Fil:
Carpentries_Instructor_Trainer_Certificate.pdf
Jeg har bidratt til undervisningsmaterial til The Carpentries
Jeg er også medlem av The Carpentries Executive Council, som kan sees på som organisajsonens styret (2018-2021)
Carpentry@UiO
Sammen med Karin Lagesen og Realfagsbiblioteket etablerte vi i 2014
Carpentry@UiO
UiO er siden 2017 medlemsorganisasjon av The Carpentries
Webside til Carpentry@UiO, bl.a. med oversikt over tidligere workshops
Websidene fra Universitetsbiblioteket:
Jeg leder styret for Carpentry@UiO
Software Carpentry workshops jeg har bidratt til
Universitetet i Oslo: 2012, 2013, 2015 - 2019
Netherlands eScience Centre: 2017
Universitet i Bergen: 2014
Science for Life Laboratory, Stockholm, Sverige: 2014
Online (ved UiO): 2020, 2021
Instruktør trening workshops jeg har undervist for
Universitetet i Oslo: 2016, 2018
Online for the Carpentries: 2016-2019
En forskende tilnærming¶
Vitenskapelige publikasjoner
A. Nederbragt, R. M. Harris, A. P. Hill and G. Wilson (2020). “Ten quick tips for teaching with participatory live coding”, PLOS Computational Biology, 16(9),pp. e1008090, doi: 10.1371/journal.pcbi.1008090
Konferansebidrag
MNT konferansen mars 2019: Gregers, T.F., and Nederbragt, Lex (2019). Lektorstudenter utvikler unik kompetanse og bidrar til økt kvalitet på begynneremner gjennom en undervisningsrettet master. Nordic Journal of STEM education 3, 23–27, https://doi.org/10.5324/njsteme.v3i1.2992. Tilgjengelig som fil:
Gregers and Nederbragt, Lex - 2019 - Lektorstudenter utvikler unik kompetanse og bidrar.pdf
MNT konferansen mars 2021: J.E.Eliassen, M.V.Bøe, L.Nederbragt, M.M.Berg, og T.F.Gregers (2021). Motivasjon for beregningsorientert biologi og sammenhengen med matematikk R2 fra videregående opplæring. Nordic Journal of STEM education, in press. Tilgjengelig som fil:
Eliassen_etal_2021_Motivasjon for beregningsorientert biologi.pdf
Forskning på egen undervisning
Masterstudent June Edvarda Eliassen (2020)
Tittel: Biologistudenters motivasjon for beregningsorientert biologi etter innføring av krav om full fordypning i realfaglig matematikk
Lenke til oppgaven: http://urn.nb.no/URN:NBN:no-82918
Fil:
Masteroppgave_Eliassen.pdf
Masterstudent Sofie Rudberg (2020)
Tittel: Relevansen av kompetansen fra matematikk R2 i beregningsorientert biologi
Lenke til oppgaven: http://urn.nb.no/URN:NBN:no-82936
Fil:
Masteroppgave_Rudberg.pdf
Masterstudent Marthe Mjøen Berg (2019)
Tittel: Studentar si interesse og meistringsforventning for programmering og modellering i biologi
Lenke til oppgaven: http://urn.nb.no/URN:NBN:no-73633
Fil:
Masteroppgave_Berg.pdf
Masterstudent Lars Erik Håland (2019)
Tittel: Studenters arbeid med programmering i biovitenskapelige problemstillinger. En kvalitativ studie av biologistudenters arbeid med Python
Lenke til oppgaven: http://urn.nb.no/URN:NBN:no-73632
Fil:
Masteroppgave_Håland.pdf
En kollegial holdning og praksis¶
UnderVerk
Oversikt over workshops (krever login med UiO brukernavn og passord)
Se også denne side om UnderVerk
Gruppelærere
Dokumentasjonssider for gruppelærere (krever login med UiO brukernavn og passord)
CSE@IBV
Sammen med undervisere involvert i arbeidet med integrering av beregningsperspektivet i bachelor utdanningen (‘CSE@IBV’) skrev vi rapporten “Computing in Science Education (CSE) på IBV: status og veien videre”.
Fil:
Status CSE på IBV februar 2020 og veien videre.pdf
CCSE
Jeg er en del av ledergruppen
Bidrag til CCSE sine årsrapporter
Foredrag
BIOS1100: Innføring i beregningsmodeller biovitenskap – erfaringer og evaluering, Real utdanning – fagdag for utdanning ved MN fakultetet, 2018
Programmering og modellering i biovitenskapsutdanning, Undervisningsseminar om beregningsorientert realfagsundervisning for NT-fakultet, Universitet i Tromsø/Norges Akrtiske Universitet, 2018 (invitert)
Mediaoppmerksomhet mm
jeg jar skrevet noen innlegg på min personlige blog om BIOS1100: http://lexnederbragt.com/bios1100
besøk av daværende kunnskapsministeren til UiO, inkludert undervisningen i BIOS1100
artikkel i Uniforum
artikkel på “IBV sine websider”: https://www.mn.uio.no/ibv/om/aktuelt/aktuelle-saker/2017/kunnskapsministeren-imponert-over-bios1100-og-igem.html
‘Programmerings- revolusjonen’; artikkel i SFU-magasinet 2018/2, side 25
Det digitale¶
Prosjekt “Integrasjon av Jupyter og Canvas for digital vurdering”
Prosjektsiden (krever login med UiO brukernavn og passord)
finansiert av LINK - Senter for Læring og Utdanning ved UiO
JupyterHub ved UiO
Canvas side om JupyterHub for studenter i BIOS1100